Samurai Sudoku combina cinco grades 9×9 sobrepostas. As regras padrão do Sudoku aplicam-se a cada grade: preencha cada célula vazia com dígitos de 1 a 9 para que cada linha, cada coluna e cada bloco 3×3 contenha todos os dígitos exatamente uma vez. As regiões sobrepostas pertencem a duas grades simultaneamente.