समुराई सुडोकू पाँच ओवरलैपिंग 9×9 ग्रिड को जोड़ता है। प्रत्येक ग्रिड पर मानक सुडोकू नियम लागू होते हैं: प्रत्येक रिक्त सेल को 1–9 अंकों से भरें ताकि प्रत्येक पंक्ति, प्रत्येक कॉलम और प्रत्येक 3×3 बॉक्स में सभी अंक बिल्कुल एक बार आएं। ओवरलैपिंग क्षेत्र एक साथ दो ग्रिड से संबंधित होते हैं।