Samurai Sudoku combina cinco cuadrículas 9×9 superpuestas. Se aplican las reglas estándar del Sudoku a cada cuadrícula: llena cada celda vacía con dígitos del 1 al 9 para que cada fila, cada columna y cada caja de 3×3 contenga todos los dígitos exactamente una vez. Las regiones superpuestas pertenecen a dos cuadrículas simultáneamente.